计算机辅助分子生物学实验设计培训班（第一期）

目的：围绕分子生物学实验中存在的问题，提供计算机辅助的解决方案。
时间：拟定于2009年12月27日报到，12月28日-12月31日上课。
价格：￥2400元（含餐费），住宿自理，可以联系院内招待所，标准双人间￥95元/人。赠送BioSun软件一套。
人数：限20人
联系人：军事医学科学院基础医学研究所计算生物学中心研究员  李伍举
电话：010-66931324/66932301
Email: liwj@bmi.ac.cn

内容：
第一讲：常用生物数据库及软件介绍
1.1综合数据库：NCBI/UCSC/ENSEMBL
1.2蛋白数据库：SWISSPROT/PDB
1.3 序列比对软件：blast/blat/Smith-Waterman
1.4 进化树构建软件：ClustalW/Phylip
1.4 基因组定位软件：blast/blat/BatchGenAna
第二讲：核酸序列相关的计算机辅助设计和分析
2.1 DNA序列翻译为蛋白质序列
2.2 限制性酶切位点分析
2.3 转录因子结合位点预测
2.4 启动子预测
2.5 PCR实验设计
2.6 RNA二级结构预测
2.7 核酶设计
2.8 反义核酸设计
2.9 siRNA设计及其抑靶效率分析
2.10 Lamp引物设计
2.11 大肠杆菌系统pBV220载体中外源基因高效表达设计
2.12 酵母系统pPIC9载体中外源基因高效表达设计
2.13 细菌小RNA及其作用靶标预测
2.14 microRNA及其作用靶标预测
第三讲：蛋白质序列相关的计算机辅助设计和分析
3.1 蛋白质基本性质分析
3.2 蛋白质跨膜区预测
3.3 蛋白质信号肽预测
3.4 B细胞抗原表位预测
3.5 T细胞抗原表位预测
3.6 蛋白质功能位点分析
3.7 蛋白质二级结构预测
3.8 蛋白质三级结构预测与显示
第四讲：基因表达谱分析
4.1 寡核苷酸芯片探针设计
4.2 基于基因表达谱的差异基因识别
4.3 基于基因表达谱的样本分类
4.4 基于基因表达谱的样本聚类
第五讲：血清质谱多肽谱的分析和BioSunMS软件的介绍
第六讲：BioSun软件介绍
第七讲：利用Perl和Bioperl进行生物信息学分析
第八讲：利用Matlab进行生物信息学分析
上机实践